发行股票的手续费应该计入资本公积——股本溢价科目。应当从股票溢价中扣除，溢价不足抵扣的部分，冲减资本公积。手续费和佣金不计入成本。与企业合并直接相关的费用包括：为进行合并而发生的会计，审计费用，法律服务费用，咨询费用。应计入合并成本。如参与合并各方可能在企业合并合同或协议中规定，如果被购买方连续两年净利润超过一定水平，购买方需支付额外的对价，应并入合并成本。
发行股票手续费冲减资本公积-股本溢价，会计分录：
借：资本公积-股本溢价。
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贷：银行存款。
收到发行款项分录为：
借：银行存款。
贷：股本。
资本公积-股本溢价。
资本公积是企业收到投资者出资额超出其在注册资本（或股本）中所占份额的部分，以及其他资本公积等。资本公积包括资本溢价（或股本溢价）和其他资本公积等。
股本溢价是指股份有限公司溢价发行股票时实际收到的款项超过股票面值总额的数额。
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