证券结算是指证券交易完成后，对买卖双方应收应付的证券和价款进行核定计算，并完成证券由卖方向买方的转移和相对应的资金由买方向卖方的转移的全过程。在证券实行无纸化交易方式以后，结算在事实上只需要通过证券交易所将各券商买卖证券的数量和金额分别予以抵销，计算应收、应付证券和应收、应付股款的差额，就可以了。
上海证券交易所和深圳证券交易所所采用的证券结算体系有所不同。上海证券交易所自1998年4月1日实行全面指定交易以后，投资者只能委托指定交易的证券营业部卖出或买进自己的全部证券。也就是说，上海证券交易所是对单个证券帐户的指定，每个帐户只能在指定的证券营业部进行买卖和办理投资者的结算。
深圳证券交易所的结算制度的特点是：实行托管证券商制度，投资者所持的证券必须托管到某一证券商名下，且只能委托该证券商卖出。也就是说，深圳证券交易所是对单笔证券买卖的指定，在哪里买就在哪里卖，并在哪里办理投资者的结算手续。
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