在此阶段，中国科技金融主要产生以下变化：首先，原先计划体制下财政拨款方式发生变革，开始采用项目竞争式招投标进行项目资金分配。中国科技金融《关于科学技术体制改革的决定》要求对现行科研机构财政拨款制度进行改革，中国科技金融对不同类型的科学技术采取拨款分类管理制度，中国科技金融逐步使用技术合同制对原有财政对科研机构直接的拨款方式进行替代，通过中国科技金融科学基金制度对基础性研究等科技活动提供资助。这一改革措施旨在促使预算约束强硬化并促进技术产业化。中国科技金融为贯彻《关于科学技术体制改革的决定》，1986年国务院颁布《关于科学技术拨款管理暂行规定》，该规定将科研机构按照活动类型分为技术开发类、基础研究类、公益事业类和混合类，对不同类型科研机构分别采用全额拨付、差额拨付等不同方式予以资助，并对竞争性科研项目采用招投标制和合同制进行了有益探索。财政科技拨款体制改革推动了对财政投入机制方式的探索，加快了企业类及混合类科研机构寻找新研发资金来源的进程。其次，成立国际自然科学基金委员会，以科学基金项目方式对基础性科研工作进行资助。
1984年，国务院科技领导小组组成科技体制改革调查小组，对我国基础研究、应用研究现状特征、问题以及改革方向等问题进行调研，提出“尽快建立国际自然科学基金和成立相应委员会”的建议。1986年，国务院决定成立国家自然基金委员会，将其职责定位为“根据国家发展方针、政策和规划，有效运用科学基金，中国科技金融指导、协调基础研究和部分应用研究工作”。1988年，国务院发文决定，国家自然科学基金委员会享受国务院直属局待遇，由国家科委归口管理。2000年，国家自然科学基金委员会被划归为国务院直属事业单位。国家自然科学基金现已成为基础研究领域的主要资金支持力量，对国家创新体系构建具有重要作用。再次，引入科技信贷金融工具。《关于科学技术体制改革的决定》提出“银行要积极开展科学技术信贷业务”，同时1985年起，中国银行业开始实施“统一计划、划分资金、实贷实存、相互融通”的信贷管理体制，鼓励商业银行间展开同业拆借，中国科技金融促进资金横向调剂。在此背景下，1985年国务院发布《关于积极开展科技信贷的联合通知》，标志着科技信贷金融工具引入中国科技金融体系，改变了科技金融单一依靠财政拨款的运行模式，中国科技金融有效缓解了以往科技成果转化阶段资金供给不足问题。最后，成立公共风险投资公司对科技企业发展提供支持。在积极探索科技金融发展过程中，创业风险投资理念开始流入中国。
1985年《关于科学技术体制改革的决定》首次提出利用风险投资方式对科技产业发展进行支持。1985年，国务院批复成立中国第一家公共风险投资公司“中国新技术创业投资公司”。国家科学技术委员会和财政部是公司主要发起股东，初始资本1000万美元。该公司成立初始目的是配合“火炬计划”实施，其中国科技金融对高科技产业及国家科技委员会拟定主导产业的投资，主要为配合国家政策，不追求经济效益，带有浓厚行政色彩，而对国家政策外项目投资则以盈利为主要目的，中国科技金融以抵偿非盈利项目运营产生的成本。1998年，该公司因违规炒作房地产和期货被中国人民银行终止金融业务。由于缺乏必要投资退出渠道，中国新技术创业投资公司在风险投资非盈利目标和现实盈利需要之间存在的目标冲突是其最终失败的主因。
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